Trần Hoàng Ngân sinh ngày 26 tháng 10 năm 1964, quê quán ở xã Nhị Quý, huyện Cai Lậy, tỉnh Tiền Giang.[3]Trần Hoàng Ngân tốt nghiệp Trường Đại học Kinh tế Thành phố Hồ Chí Minh ngành Tài chính - Ngân hàng.[3]

Ông có bằng cử nhân ngoại ngữ chuyên ngành tiếng Anh.[3]

Năm 1995, ông có học vị Tiến sĩ kinh tế của Đại học Kinh tế Thành phố Hồ Chí Minh.[3] Ông bảo vệ thành công luận án tiến sĩ kinh tế 130 trang bằng tiếng Việt với đề tài "Một số biện pháp góp phần nâng cao hiệu quả hoạt động của ngân hàng thương mại cổ phần tại thành phố Hồ Chí Minh" vào năm 1995 tại Đại học Kinh tế Thành phố Hồ Chí Minh.[4]

Năm 2002, ông được Nhà nước Việt Nam phong học hàm Phó giáo sư.[3][5]